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物流业是一个跨行业、跨部门的综合性新兴产业。物流是指通过运输、保管、配送等方式，由商品的产地到商品的消费地所进行的计划、实施和管理的全过程。物流业中涉及的主要营业税政策归纳分析如下:
一、物流业涉及的营业税税目税率
1、交通运输业，税率3%
征收范围包括:陆路运输、水路运输、航空运输、管道运输、装卸搬运。
2、邮电通信业，税率3%
本税目的征收范围包括:邮政、电信。单位和个人从事函件、包件的快递业务按“邮电通信业”税目征收营业税。
3、服务业，税率5%
本税目的征收范围包括:代理业、旅店业、饮食业、旅游业、仓储业、租赁业、广告业、其他服务业。物流业中的代理、仓储属于本税目征收范围。
需要注意的是，单位和个人开展物流业务应按其收入性质分别核算，提供运输劳务取得的运输收入按“交通运输业”税目征收营业税并开具货物运输发票;提供其他服务业劳务取得的收入按“服务业”税目征收营业税并开具服务业发票。
凡未按规定分别核算不同税目营业额的，一律从高适用税率征收营业税。
案例:某汽车运输公司6月取得运输业务收入20万元，装卸业务收入4万元，仓储业务收入3万元，计算该公司6月应纳营业税。
按照税法规定:运输、装卸业务收入属于“交通运输业”税目，按3%的税率缴纳营业税。应纳税额=(20+4)×3%=万元)
仓储业务收入属于“服务业”税目，按5%税率纳税，应纳税额=3×5%=万元)
该公司6月业务收入应纳税额=万元)
二、物流业计税依据
1、交通运输业计税依据
交通运输业的营业额，是指从事交通运输的纳税人提供交通劳务所取得的全部运营收入，包括全部价款和价外费用。陆路、水路、航空、装卸搬运等的计税依据均应按此原则确定计税依据。
纳税人将承揽的运输业务分给其他单位或者个人的，以其取得的全部价款和价外费用扣除其支付给其他单位或者个人的运输费后的余额为营业额。公路、内河货物运输代开发票纳税人从事联运业务的，其计征营业税的营业额为代开的
中国**航空股份有限公司(简称国航)与中国国际货运航空有限公司(简称货航)开展客运飞机腹舱联运业务时，国航以收到的腹舱收入为营业额;货航以其收到的货运收入扣除支付给国航的腹舱收入的余额为营业额。
案例:某(自开票纳税人)运输公司2003年5月份取得取得货运收入58000元(其中含1%的保险费用)，其中付给其他联营运输公司运费18000元，请计算该公司5月份应纳营业税税额。该公司当月应纳营业税额=(58000-18000)×3%=1200(元)
2、代理业计税依据
纳税人从事货物运输代理业务，其营业额为其向客户收取的全部价款和价外费用扣除支付给其他单位的港口费用、运输费、保管费、出入境检疫费、熏蒸费、仓储费、装卸费及其他代理费用。上述所称“其他代理费用”是指:支付给海空陆港的港口建设费、铁路建设基金;支付给海关的报关费;支付的集装箱费用(包括堆存费、提箱费、装箱费、拆箱费、洗箱费);支付的货物保险费;支付给运输代理单位的代理费;经省地方税务局确认的其他费用。
国税发[2000]139号规定，对航空运输企业从事包机业务向包机公司收取的包机费，按“交通运输业”税目征收营业税;对包机公司向旅客或货主收取的运营收入，应按“服务业-代理业”项目征收营业税，其营业额为向旅客或货主收取的全部价款和价外费用减除支付给航空运输企业的包机费后的余额。
国税函[2006]1312号规定，无船承运业务应按照“服务业-代理业”税目征收营业税。纳税人从事无船承运业务，以其向委托人收取的全部价款和价外费用扣除其支付的海运费以及报关、港杂、装卸费用后的余额为计税营业额申报缴纳营业税。
3、仓储业计税依据
对试点物流企业开展物流业务营业税征税问题，国税发[2005]208号规定，自2006年1月1日起，试点企业将承揽的仓储业务分给其他单位并由其统一收取价款的，应以该企业取得的全部收入减去付给其他仓储合作方的仓储费后的余额为营业额计算征收营业税。
三、物流业扣除凭证
1、交通运输业扣除凭证
《国家税务总局关于新版公路、内河货物运输业统一发票有关使用问题的通知》(国税发[2007]101号)规定，运输单位(或个人)从事公路、内河货物运输业务的，应以收取的全部价款向付款人开具货运发票，合作运输单位(或个人)以向运输单位(或个人)收取的全部价款向该运输单位(或个人)开具货运发票，运输单位(或个人)应以合作运输单位(或个人)向其开具的货运发票作为差额缴纳营业税的扣除凭证。
2、代理业扣除凭证
纳税人从事无船承运业务，应按照其从事无船承运业务取得的全部价款和价外费用向委托人开具发票，同时应凭其取得的开具给本纳税人的发票或其他合法有效凭证作为差额缴纳营业税的扣除凭证。
3、仓储业扣除凭证
国税发[2005]208号对营业额减除项目凭证管理问题提出了要求:营业额减除项目支付款项发生在境内的，该减除项目支付款项凭证必须是发票或经税务机关认可的合法有效凭证;支付给境外的，该减除项目支付款项凭证必须是外汇付汇凭证，或外方公司的签收单据、出具的公证证明。
四、相关特殊情况
远洋运输企业业务不同适用不同税目税率
针对远洋运输企业不同的业务，营业税政策规定了不同的适用税率。国税发[2002]25号规定，对远洋运输企业从事程租、期租业务和航空运输企业从事湿租业务取得的收入，按“交通运输业”税目征收营业税。
文件规定，对远洋运输企业从事光租业务和航空运输企业从事干租业务取得的收入，按“服务业-租赁业”项目征收营业税。
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